يتكون الهيكل التنظيمي المصدق من 4 مكونات أساسية وهى:
- المدير العام والادارات التابعة له
- أربعة إدارات عامة
- إثنى عشر إدارة بالرئاسة
- ثمانية عشر إدارة اتحادية بالولايات
أولاً المدير العام والوحدات التابعة له:
- المكتب التنفيذي
- المستشار القانوني
- ادارة تنمية الموارد
- ادارة التدريب
- التدقيق الداخلي
- التطوير الإداري والجودة
- الحوسبة ونظم المعلومات
- الإدارات الاتحادية بالولايات
- العلاقات العامة والاعلام
ثانيا الادارات العامة :-
- الإدارة العامة للتنمية المستدامة للغابات ويتبع لها الإدارات التالية:
- الإدارة الفنية : واقسامها الحجز , الحصر , الانتاج
- بإدارة التشجير: واقسامها البذور , , البيئة والتنوع الاحيائي , حماية الغابات
- جإدارة الاصماغ: واقسامها الاصماغ , المنتجات الغير خشبية
- 2. الإدارة العامة للإرشاد والإعلام ويتبع لها الإدارات التالية :
- إدارة الارشاد: واقسامها قسم الحماية قسم البرامج الارشاد
- ادارة الاعلام: واقسامها قسم الاعلام
- 3. الإدارة العامة للتخطيط والسياسات والبحوث ويتبع لها الإدارات التالية :
- إدارة التخطيط والتقييم: واقسامها التخطيط والرصد والمتابعة والدراسات
- إدارة السياسات والبحوث : واقسامها الدراسات والسياسات والبحوث
- إدارة المعلومات والإحصاء: واقسامها الاحصاء والمعلومات
- ادارة برامج التنمية والمشروعات: واقسامها برامج التنمية وقسم المشروعات
4.الإدارة العامة للموارد المالية والبشرية ويتبع لها الإدارات التالية :
- إدارة الشؤون المالية والمحاسبية: واقسامها الشئون المالية والشئون المحاسبية
- إدارة الشؤون الإدارية: واقسامها الخدمات والعمومي والامداد ات
- إدارة الموارد البشرية: واقسامها السجلات والميزانية وشئون التوظيف
ثالثاً الإدارات الولائية
وتتكون من 18 ولاية على مستوى السودان وكل ولاية لها إداراتها ومكاتبها الفنية وهى تتبع للمدير العام